Mac OS X でJDK6がうまく動作しないので、調べてみました。「Apribase » Mac Java の複雑な階層構成のまとめと管理」に詳しく書いてあります。
この方法でもいいのですが、結構手順が面倒なので、アプリケーション内のJavaにあるコンソールでJDK6をデフォルトにした上で、JAVA_HOMEさえ設定すれば何とかなるんじゃないかと思って、下記のように設定しました。
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
とりあえず、これで、動いているようです。参考にした記事では、NetBeansで問題がありそうな記述がありましたが、NetBeansでは使用するJavaを指定できるので、それを設定すれば、たぶん問題なく使えるはずです。