Ja-Jakartaのメンバと話をしたときに、ただ単に設定ファイルを書き換えただけでは、JDTのコンパイラが動いてしまうのではないか、というのがありました。muimyさんがきちんと調べてくれました。muimy:Tomcat5.5 JDTコンパイラの切り替えは参考になりました。でも、後日談があるようで、http://www.mail-archive.com/tomcat-user%40jakarta.apache.org/msg142578.htmlを見るとわかりますが、そんなに難しいことではないようです。