Ja-Jakartaのメンバと話をしたときに、ただ単に設定ファイルを書き換えただけでは、JDTのコンパイラが動いてしまうのではないか、というのがありました。muimyさんがきちんと調べてくれました。muimy:Tomcat5.5 JDTコンパイラの切り替えは参考になりました。でも、後日談があるようで、http://www.mail-archive.com/tomcat-user%40jakarta.apache.org/msg142578.htmlを見るとわかりますが、そんなに難しいことではないようです。
ant.jarとant-launcher.jarを$CATALINA_HOME/common/libへコピーします。
それから、$CATLINA_HOME/conf/web.xmlを編集します。servlet-nameのマッピングをして、Webアプリのweb.xmlを編集するという手もあります。パラメータcompilerを追加します。これで切り替えができるようです。（すみません、動作未確認）
<servlet>
<servlet-name>jsp</servlet-name>
<servlet-class>org.apache.jasper.servlet.JspServlet</servlet-class>
<init-param>
<param-name>compiler</param-name>
<param-value>modern</param-value>
</init-param>
<init-param>
<param-name>fork</param-name>
<param-value>false</param-value>
</init-param>
<init-param>
<param-name>xpoweredBy</param-name>
<param-value>false</param-value>
</init-param>
<load-on-startup>3</load-on-startup>
</servlet>
<servlet-name>jsp</servlet-name>
<servlet-class>org.apache.jasper.servlet.JspServlet</servlet-class>
<init-param>
<param-name>compiler</param-name>
<param-value>modern</param-value>
</init-param>
<init-param>
<param-name>fork</param-name>
<param-value>false</param-value>
</init-param>
<init-param>
<param-name>xpoweredBy</param-name>
<param-value>false</param-value>
</init-param>
<load-on-startup>3</load-on-startup>
</servlet>