mp3 から wav への変換をしたいのですが、いろいろあるようです。
まず、SOX（http://sox.sourceforge.net/）というのがありました。-w オプションで16bit化を指定したり、-r オプションで44.1khz（CDのサンプリングレート）を指定したりもできるようです。
sox input.wav -w output.wav
sox input.wav -r 44100 output.wav
sox input.wav -r 44100 output.wav
lameというのが必要なようですが、FFmpeg（http://ffmpeg.org/）というのもあるようです。Windows Media Audio 形式(WMA)から MP3 形式にビットレート(128kb/s)、サンプリングレート(44100Hz)指定で変換するには次のような感じ。
ffmpeg -i in2.wma -ab 128 -ar 44100 out2.mp3
MP3 から PCM 形式オーディオファイル out.wav に変換するには次のような感じ。
ffmpeg -i in.mp3 out.wav
下記とか参考になります。