Windowsで圧縮されたファイルをLinuxで展開するには、どうすれば良いでしょう。ファイル名が文字化けしてしまって、困ったことがありませんか？ 展開後のファイルについて convmv コマンドで変換する方法もありますが、ちょっとしたPHPプログラムを用意して対応してみましょう。Windowsで圧縮されたZipファイルをLinuxのPerlで展開するには？ | hiro345にはPerl版があります。
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Javaでzip
JavaでZipを展開して書き出すプログラム。以前も作ったことがあったような気がします。java.util.zipパッケージはパスワードつきの、encrypt, decryptに対応していないようなので、winzipaes – Encrypt+Decrypt files in WinZip AES format via java – Google Project Hosting: http://code.google.com/p/winzipaes/とかを使った方がいいのかもしれません。