簡単です。注意点としては、jboss.server.base.dirの指定はstandalone.shをどこで実行するかによって変わるので絶対パスの方が確実です。また、boot.logはinstance1, instance2 の両方からアクセスされるので、同時に起動とか停止をすると正しくログをとれないことがあります。
$ cp -a standalone instance1
$ cp -a standalone instance1
$ ./bin/standalone.sh -Djboss.server.base.dir=instance1
$ ./bin/standalone.sh -Djboss.server.base.dir=instance2
$ cp -a standalone instance1
$ ./bin/standalone.sh -Djboss.server.base.dir=instance1
$ ./bin/standalone.sh -Djboss.server.base.dir=instance2