個人的にはSubversionでファイル同期（バージョン管理の結果、ファイル同期となっている）をしているのですが、「Unison File Synchronizer」のようなファイル同期ツールの方が便利な時もあるかもしれません。AndroidやiPhoneとかが入ってくると尚更です。

UnisonのライセンスはGPLというオープンソースなので使いやすそう。Windows, Linuxもサポートされていて、Zaurusでも動くらしい。