VirtualBoxの仮想ディスクをコピーして再利用するには、単にcpをしただけでは使えません。
cpしたものをそのまま使おうとすると、「Cannot register the hard disk … with UUID {b6202eec-1791-b921-4c0c-4306e34cc487} because a hard disk … already exists in the media registry … 」といったエラーがでてしまいます。単に仮想ディスクのバックアップとしてcpするのであれば良いのですが、他の仮想マシン用ディスクにするといった用途には使えません。
そんなときは、VBoxManageのclonevdiコマンドを使います。このようにクローンを作ると、UUIDの衝突がしないように別UUIDをつけてくれます。
$ VBoxManage clonevdi `pwd`/ubuntu.vdi `pwd`/ubuntu0.vdi
追記:最新では、VirtualBoxの仮想メディアマネージャのGUIでできます。コマンドラインでは、メディアマネージャから解除した上でclonehdを使えばできそうです(未確認)。
$ VBoxManage clonehd `pwd`/ubuntu.vdi `pwd`/ubuntu0.vdi