.htaccessなどへRewriteについての記述をすることにより、UAでiPhone判定ができます。
UAがiPhoneで、クエリー文字列にmode=iphoneがついている場合に、iPhone用サイトへ転送するときは、次のようにします。
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} iPhone
RewriteCond %{QUERY_STRING} mode=iphone
RewriteRule ^$ http://www.example.com/ [R]
</IfModule>
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} iPhone
RewriteCond %{QUERY_STRING} mode=iphone
RewriteRule ^$ http://www.example.com/ [R]
</IfModule>
iPhone用URIにmode=pcをつけていない場合は、iPhone用サイトを表示したい場合はQUERY_STRINGの行を次のようにします。
RewriteCond %{QUERY_STRING} !mode=pc
既存のURIをiPhoneでも使いたいのか、iPhone用には新しいURIを用意するのかによって、設定は変える必要があります。