Wake on LAN を設定してあったマシンをUbuntuにしたところWOLが無効になってしまいました。どう設定したのかも忘れてしまっていたので調べました。
/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 (CentOSなどのRedHat系)や /etc/network/interfaces(UbuntuなどのDebian系)に下記を追加しておけば良いようです。
ETHTOOL_OPTS="wol g"
追記:
これで動かない場合は、ethtool をインストールして、/etc/rc.local へ下記を追記しておくとよいでしょう。
/usr/sbin/ethtool -s eth0 wol g