JDK6u2のLinux版のセルフ解凍版ではJavaDBが同梱されていないようです。ということで、JavaDBを使いたいときは、下記から取得するということになるようです。ちなみに、RPM版は/opt/sun/javadb にインストールされます。
Java DB from Sun Microsystems
http://developers.sun.com/javadb/
JDK6u2にバンドルされているのは10.2ですが、JavaDBの最新版は10.3なので、注意が必要です。Apache Derby をそのまま持ってきてもいいような気もします。どちらを使うのかは好みということで。
$ DERBY_HOME=/opt/sun/javadb /opt/sun/javadb/bin/ij
ij バージョン 10.2
ij>