Bug 4119 [MS-IME] 詳細なテキストサービスを無効にしてMS-IMEを利用していると、ポップアップウインドウが一瞬で消える – WebStudio
http://www.d-toybox.com/studio/weblog/show.php?mode=single&id=2005011500

こういうことがあるんですね。とりあえずチェックしてみよう。Vistaではたまにキャレットが上に行ってしまったりする不可解な挙動があるのですが、気のせいなのか、これが影響しているのか気になります。