ownCloud 4.0 から 5.0 へアップグレードしたときは、対応漏れが発生するようです。MySQLでレコードの追加が必要です。

INSERT INTO owncloud.oc_appconfig (appid, configkey, configvalue)
VALUES 
('core', 'remote_core.css', '/core/minimizer.php'),
('core', 'remote_core.js', '/core/minimizer.php');

ちなみに、この問題が発生している場合は、apacheのログには次のようなエラーがでます。xxxxはownCloudを配備したURLになります。

"GET /xxxx/remote.php/core.css HTTP/1.1" 404

本当は4.0→4.5→5.0という順番でアップデートすると良いようです。