ImageMagick を使うと画像変換ができます。

example.png について 100×100 のサイズ, 20% のサイズへ変換するには次のようにします。コマンドが convert という名前なので注意しましょう。

$ mkdir dst
$ convert -geometry 100x100  example.png dst/example_100x100.png
$ convert -geometry 20%  example.png dst/example_20pct.png

画像のサイズを取得することもできます。

$ identify -format "%w %h" example.png

これを利用すると、画像サイズによって処理を分岐するシェルスクリプトも用意できます。

#!/bin/sh
w=`identify -format "%w" example.png`
if [ ${w} -lt 101 ]; then
  echo ${w}
else
  echo "100"
  convert -geometry 100x100  example.png dst/example_100x100.png
fi