WordPressにはあるテーマを使って、差分だけを子テーマとして用意できる便利な機能があります。

たとえば、TwentyElevenのテーマを親とするテーマを作成するには、mytwentyelevenというテーマ用ディレクトリを作成したら、そこへ次のようなCSSファイルをstyle.cssという名前で置くだけです。「Template:」で始まる行で、親とするテーマを指定します。同一ディレクトリへカスタマイズしたいPHPファイルを持ってきて置けば、優先されます。functions.phpは、親テーマのものも読み込まれます。サンプルでは親テーマのCSSをimportしていますが、不要な場合は取り込まないで全部独自指定することもできます。

/*
Theme Name: original theme
Author: hiro345
Description: original theme based on Twenty Eleven 
Template: twentyeleven
*/
@import url("../twentyeleven/style.css");

準備ができたら、管理画面で[外観]-[テーマ]を指定して、現在のテーマを mytwentyeleven にします。すると、TwentyElevenと同じ表示がされるはずです。ここからCSSを修正したり、PHPファイルを追加してカスタマイズをしていくわけですね。