mkisofsを使うと、ISOイメージを作ることができるそうです。targetDirectory配下のファイルを持つdisk.isoを作成するには下記のとおりです。ちなみに、Ubuntsuでは、mkisofsコマンドは、apt-getコマンドでそのままインストールできました。

$ mkisofs -r -J -o disk.iso targetDirectory/