WordPressでfunctions.phpへ独自機能を追加するには子テーマを使う方法もありますが、既存のものを拡張しやすいようにしておく手もあります。
テーマのアップデート時にfunctions.phpの修正が必要になりますが、インクルードをすれば良いようにして、実際の実装は別ファイルにしておきます。
テンプレートのfunctions.phpの先頭に下記を追加します。
<?php include_once("functions_ex.php"); ?>
例えば、functions_ex.phpを次のように作成します。
<?php function echo_hello() { echo "Hello"; } ?>
確認するには、single.phpで下記のようなコードをいれます。該当部分でHelloという文字列が表示されるはずです。
<?php echo_hello(); ?>