ntpdでの時刻同期がうまくいかないときは、ntpdateコマンドを使う方法があります。
ntpサーバはISPが提供するものか、自分で用意するか、「NTP/推奨公開サーバ – wiki@nothing」にあるものを使いましょう。ここではntp.ring.gr.jpを指定しています。
CentOSでもUbuntuでも同じで、下記コマンドで時刻同期ができます。
$ sudo /usr/sbin/ntpdate -u ntp.ring.gr.jp
定期的に実行するには、cronへ登録しておくと良いでしょう。
5 * * * * /usr/sbin/ntpdate -u ntp.ring.gr.jp > /dev/null 2>&1