VirtualBoxの仮想マシンをコマンドラインから起動するには、VBoxManageコマンドを使います。typeオプションへheadlessを指定するとGUIが必要ありません。例えば仮想マシン名 vm001 の仮想マシンを起動するには次のようになります。覚えておくと便利ですよ!
$ VBoxManage startvm vm001 -type headless
停止するには次のようにします。ログインして停止した方がよいですが、できないときに利用してみましょう。
$ vboxmanage controlvm vm001 poweroff
実行中の仮想マシンのリストは下記で取得できます。何らかのエラーでコマンドが正常終了していないこともありますから、上記コマンドで開始、停止した場合は、これで確認をしましょう。
$ vboxmanage list runningvms