WordPressのTwenty Eleven のページ構成について簡単に調べました。
大きなページ構成は次のようになります。全体に対してデザイン調整をしたいときは関連するCSSについて変更をすれば良いということになります。
<div id="page">
<header id="branding">
<hgroup>
<h1></h1>
<h2></h2>
</hgroup>
<nav id="access">
</nav>
</header>
<div id="main">
<div id="primary">
<div id="content">
</div>
</div>
<div id="secondary">
</div>
</div>
<footer id="colophon"></footer>
</div>
PHP, HTML, CSSについてある程度理解していれば、「基本からしっかりわかる-WordPress-3-xカスタマイズブック」には、こういった情報がわかりやすく解説されているので、お薦めです。