仮想マシンにおける時刻同期についてはよく話題にあがります。VMwareではこれに関してページを用意してあります。
仮想マシンの時刻がずれる場合は、/etc/grub.conf のカーネルパラメータとして「 divider=10 clocksource=acpi_pm」を追加をしてみる方法があります。これはVirtualBoxでも有効だという情報もありますから、困っている人は試してみると良いでしょう。なお、ntpdを使っているなら、下記はコメントアウトしておくのが良さそうです。
server 127.127.1.0
fudge 127.127.1.0 stratum 10
fudge 127.127.1.0 stratum 10
追記:ntpdでの時刻同期がうまくいかないときは | hiro345
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