Arduino IDEにおけるブートローダライタ用プログラムとしては、「AVRDUDE – AVR Downloader/UploaDEr」が使われているようです。
例えば、MacOS X用のArduino IDEでは、下記にコマンドがあります。
/Applications/Arduino.app/Contents/Resources/Java/hardware/tools/avr/bin/avrdude
ArduinoのマイコンチップATmega328へプログラムを書き込めるようにするには、ATtiny2313マイコンチップをPCとの間にいれて、HDIaspxというプログラムを使うという方法もあるようです（ATtiny2313マイコンチップにHDIaspxのファームウェアを書き込みしておく必要がある）。書き込み用のコマンドはhidspxというコマンドがあるようです。
hidspx対応のavrdude wrapperを用意すれば、Arduino IDEからも一発で書き込みができるようです。
最初に「HDIaspxのファームウェアが書き込みされたATtiny2313マイコンチップ」が必要なので、これを入手する必要があります。AVR書き込み装置があれば簡単に「ATtiny2313マイコンチップ」へ書き込みができるようなので、書き込み装置をArduino ISPにしてもいけるのではないかと思っているのですが、実際のところどうなんでしょうねぇ。