Jenkins plugin を端末からインストールするには、jenkins-cli.jarを使います。すでにJenkinsがインストールされていて稼働しているとします。下記の例ではPHPを使ったプロジェクトに必要なプラグインをインストールしています。

$ wget http://localhost:8080/jnlpJars/jenkins-cli.jar
$ for m in git xUnit cloverphp
do
  java -jar jenkins-cli.jar -s http://localhost:8080 install-plugin ${m}
done

PHP向けのJenkins設定については、Template for Jenkins Jobs for PHP Projectsが参考になるようです。少し古いですが、「5分じゃ出来ないJenkins導入」という資料も参考になるかもしれません。