java.util.Properties の load メソッドを使ってプロパティを読み込んだ後、値をプログラムで変更してから、store メソッドで保存をしてみました。すると、もともとのファイルで記述されていたキーワードの順番が保持されていないように見えます。

自作するということになるのかな…