OpenSSLを使うと、秘密鍵と証明書のペアが正しいかどうか確認できます。

具体的には、modulusオプションを利用します。署名された証明書ファイルをserver.crtとし、秘密鍵をserver.keyとすると、次のようになります。これらのコマンドの出力が同じであれば正しいペアとなるので、出力結果をファイルへ保存してdiffをとればいいでしょう。