ようするに、Raspbian（2017-11-29版）でUSBキーボードを抜き挿しすると日本語キーボードとして認識しないときの対処方法です。普段はUSBキーボードを使っていなくて、起動後に使いたくなったときにUSBキーボードを挿すと日本語レイアウトではなく英語レイアウトになってしまう現象にあって困っていました。

どうやら、起動時はlxkeymap.cfgを参照するのに、起動後はkeyboardの設定を使うということのようで、両方とも日本語レイアウトを使うように設定することで解決できました。

ついでに、CtrlとCaps Lockも入れ替えています。lxkeymap.cfgの内容は次のとおり。

$ cat /home/pi/.config/lxkeymap.cfg 
[Global]
layout = jp
variant = 
option = ctrl:swapcaps

keyboardの内容は次のとおり。

$ cat /etc/default/keyboard
XKBMODEL="jp106"
XKBLAYOUT="jp"
XKBVARIANT=""
XKBOPTIONS="ctrl:swapcaps"
   
BACKSPACE="guess"

ちなみに、Caps Lockを使わない場合は、ctrl:swapcapsではなくctrl:nocapsを指定します。