MTOS5 でアーカイブをリビルドするためのツールに「alfasado/mt-tools-rebuild-archives · GitHub」があります。
次のようにして取り出して使えばいいだけです。
$ git clone https://github.com/alfasado/mt-tools-rebuild-archives
MTOSを/var/www/mtos にインストールしてあるとします。
$ cd /var/www/mtos; /usr/bin/perl ./tools/rebuild-archives --at Index,Individual --blog_id 1,2
cronへの登録は下記のようにします。
0 2 * * * cd /var/www/mtos; /usr/bin/perl ./tools/rebuild-archives
atオプションには、「Index,Monthly,Individual,Category」といった値が使えます。きちんと確認していませんが、「Individual,Page,Daily,Weekly,Monthly,Yearly,Author,Author-Daily,Author-Weekly,Author-Monthly,Author-Yearly,Category,Category-Daily,Category-Weekly,Category-Monthly,Category-Yearly」といった値が指定できそうです。
blog_idオプションにはブログIDを指定できます。
sleepオプションは、再構築に時間がかかる環境のときにタイムアウトでリビルドが完全にはできない状況が発生したら指定すれば良いようです。コードを見るとわかりますが、指定したブログについて、MT::WeblogPublisher->rebuild_from_fileinfo を呼び出してリビルドしていて、ひとつのファイルについてリビルドしてから次の呼び出しをすぐにしないで間隔をおくことで、負荷の抑制をしています。