コンピュータを使うということは、「電子計算機に何らかの命令をして計算処理をさせて、その結果を利用する」ということになるので、一般的には意識されていないかもしれませんが、みんな何らかの命令をコンピュータへ発して計算をさせています。
対話的に使うという視点からすると、GUIの方が便利なのですが、自動処理をするという場合には人がいちいち命令をするというのは大変なのでプログラミング言語を使ってプログラムを用意するわけです。プログラミング言語には、いろいろ種類があるのですが、実行環境も含めて考えると、OSとしてはLinuxの方がWindowsよりもたくさんのプログラミング言語が使えます。
また、LinuxはWindowsに比べて、何かと自動処理をさせるのにが便利なわけですが、「命令をするときに使う言語が何か」によって、使い勝手は変わります。shellscriptは手軽ではあるものの、大規模なシステムを構築するには非力です。Perlの方が、色々な処理を手軽に安全にプログラミングできます。ただ、オブジェクト指向プログラミングはしにくいので、再利用しやすいプログラムを作成したいのなら、Rubyのようなオブジェクト指向プログラミング言語を使った方が良いでしょう。Python、JavaScript、C/C++、Java、PHPなどもありますから、目的に応じて使えばよいでしょう。
どのプログラミング言語も得意な適用分野があるわけですが、技術の進化に応じて、分野が新しくできてきたり、見直されているので、それに応じて、プログラミング言語の人気も変わってきているように思います。
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