いまさらなのですが、http://java.sun.com/j2se/1.5.0/ja/docs/ja/guide/intl/fontconfig.htmlにあるようにフォント設定周りがJava 5.0 から大きく変更されているようです。
Java2 SDK 5.0 update7 がでていたのでついでに設定をしました。OSは Fedora Core 5 です。フォントファイルの検索順についてはよくわからなかったので back.fontconfig ディレクトリへ退避して、fontconfig.properties ファイルを用意しています。ポイントはFedora Core 5 にはないkochiフォントの代わりに用意されているsazanamiフォントの方を使うことと、フォントディレクトリの場所が /usr/share/fonts/ja/TrueType となっているので、/usr/share/fonts/japanese/TrueType と置き換える点です。awtfontpath.japanese-iso10646などでも指定があるので注意しましょう。sedを使えばファイルを開かなくても置換できてしまいますけれども。
# cd /usr/java/jdk1.5.0_07/jre/lib/ # mkdir back.fontconfig; mv fontconfig* back.fontconfig/ # sed -e 's/kochi/sazanami/g' back.fontconfig/fontconfig.RedHat.properties.src |\\ > sed -e 's/\\/ja\\//\\/japanese\\//g' > fontconfig.properties
参考：